2017 жылғы 1 қаңтардан бастап барлық ҚҚС төлеушілер шот-фактураны  электронды түрде жазуға міндетті, бірақ жеке санаттағы ҚҚС төлеушілер 2016 жылдың 1қаңтарынан және 1 шілдесінен бастауға міндетті. Осындай өзгертулер Қазақстан Республикасының 2015 жылғы 3 желтоқсандағы «Салық салу жәнекедендік әкімшілендіру мәселелері бойынша мәселелер Қазақстан Республикасының кейбір заңнама актілеріне өзгертулер мен қосымшалар енгізу туралы» (бұдан әрі мәтін бойынша – Заң) № 432-V заңымен көзделді, электронды нысанда шот-фактураларды міндетті жазу бойынша талаптарға сай:

1) уәкілетті экономикалық оператор болып табылатын салық төлеушілер үшін 2016 жылғы 1 қаңтардан бастап бекітіледі. Уәкілетті экономикалық оператордың мәртебесі Қазақстан Республикасынң барлық аумағына танылады және  уәкілетті экономикалық оператордың тізіміне енгізу туралы куәлікті беру арқылы  кеден істері саласында уәкілетті органның заңды тұлғасы беріледі.

2) 2016 жылғы 1 шілдеден бастап Кодекске сәйкес кеден қоймасының иесі қойманың уақытша сақтау иесі арқылы кеден тасымалдаушысы кеден өкілетімен уәкілетті экономикалық оператор болып табылатын салық төлеуші.

Аталған тұлғалардың мәртебесі Қазақстан Республикасының «Қазақстан Республикасында Кеден істері туралы»  кодексімен анықталады:

Қазақстан Республикасының аумағында Қазақстан Республикасының және (немесе) Кеден одағының кеден заңнамасына сәйкес кедендік операциялар атынан және тапсырма бойынша декларанттың немесе басқа да мүдделі тұлғалардың атынан кедендік өкіл жасайды. Кеден өкілдері тізіміне енгізілгеннен соң кеден өкілі заңды тұлға болып танылады;

уақытша сақтау қоймасының иесі Қазақстан Республикасының кеден заңнамасымен бекітілген кеден бақылауында тұрған тауардың сақталуын жүзеге асырады. Уақытша сақтау қоймасының иесі тізіміне енгізілгеннен кейін  уақытша сақтау қоймасының иесі заңды тұлға болып табылады;

кеден қоймасының иесі кеден бақылауында тұрған тауардың сақталуын жүзеге асырады.  Уақытша кеден қоймасының иесі тізіміне енгізілгеннен кейін  уақытша сақтау қоймасының иесі заңды тұлға болып табылады.

Ережеден басқа заңмен көзделген, бюджетті орындау бойынша орталық уәкілетті органмен бекітілген егер электронды нысандағы шот-фактураның көшірмесі мүмкін болған жағдайда бағдарламалық қамтамасыз етуде техникалық қателіктердің туындауынан мүмкін емес, шот-фактураның көшірмесі  қағаз тасымалдағышта жүргізіледі.

2016 жылғы 1 қаңтардан бастап шот-фактурасы көшірмесінің тәртібін бұзғаны үшін әкімшіліктік жауапкершілік заңмен қаралады.

2015 жылғы желтоқсанда БСҰ толық құқықты мүшесі болды. Қазақстан Республикасының БСҰ кіруінің негізгі жағдайы Еуразиялық экономикалық одақтың  Бірыңғай кеден тарифі шеңберінде қолданыстағы әкелінген кеден бажының төмендігі БСҰ жағдайында әкелінген мөлшерлеме Алынған тізімі – тауарлар ұстанымының қатары бойынша тарифтік міндеттемесі болып табылады.

Бүгінгі күнге Алынған тізім - 1 347 тауар ұстанымынан тұрады, СЭҚ ТН шеңберінде  барлығы 97 тауар тобының бұл 58 тауар тобы, соның ішінде: ауыл шаруашылық өнімі, жеңіл өнеркәсіп, көлік құралдары және ЕАЭО БКТ аса төмен әкелінген кеден баждары 2016 жылдан бастап қолданылатын болады.

Салық төлеушілер Қазақстан Республикасында тауарларды импорттау кезінде келесі талаптардың бірін сақтау қажет:

- БСҰ төмендетілген мөлшерлемесін қолдану тауарлары, реттік нөмірде айырмашылық белгілері бар тауарлар жеке декларацимен декларацияланады (реттік есептің 3 элементі 1санынан басталады). Бұндай тауарларды ЕАСО мүше-мемлекеттеріне әкелуге тыйым салынған және тек Қазақстан Республикасы аумағының айналымына жатады;

- ЕАЭО БКТ мөлшерлемесі бойынша Қазақстан Республикасына әкелінген тауарлар, ЕАЭО кеден аумағына шығару кезінде электронды шот-фактурасы және тауарлар декларациясының көшірмесімен жолдануға тиіс.

Аынған тізімге енгізілген тауарларды бақылау мақсатында, Қазақтан Республикасы ресімделген тауарға жолдама құжаттар  «Электронды шот-фактура» ақпарат жүйесінде пайдалынады. 

Үшінші елден Қазақстан Республикасы аумағына әкелінген Тізімге енгізілген тауарлады СЭҚ қатысушыларымен Қазақстан Республикасы аумағында іске асыру немесе Қазақстан Республикасы аумағына әкелу  жағдайында шот-фактура айырықша электронды түрде  жазылады, онда келесі реквизиттері  көрсетілуі тиіс: тауарлар туралы мәлімет, оның саны; тауарлар декларациясының нөмірі; тауарлар декларациясында тауарлардың реттік нөмірі; ЕАЭО БКТ мөлшерлемесі бойынша әкелінген кеден бажының төлемі туралы мәлімет.

«Тауар туралы  мәлімет» G тарау дың 14 бағамында электронды шот-фактурасына тауарлардың өтуіне бақылауды жүзеге асыру үшін, тауар декларациясының нөмірі көрсетілуі тиіс. Кеден бажының мөлшері (мысалы, БСҰ немесе ЕАЭО БКТ) және тауар декларациясында көрсетілген аталған тараудың 15 бағамында тауардың реттік нөмірі көрсетілуі тиіс.

Сонымен қатар, БСҰ мөлшерлемесі бойынша әкелінген тауарлар Қазақстан республикасы  аумағынан шығарған кезде  ЕАЭО мүше-мемлекеттер заңнамасына сәйкес жауапкершілік шаралары қаралған. Өткізілген тауарлар сияқты, соның ішінде төмендетілген мөлшерлеме бойынша әкелінген тауарлар тасымалдаушылармен жүзеге асырылады, жауапсыз кәсіпкерлердің әрекет жауапкершілігі  тікелей оларға жүктеледі.

Осыған орай, Хаттама нормаларына сәйкес Қазақстан Республикасы аумағынан әкетілетін кезде ұсынылатын жоғарыда аталған қажетті  жолдама  құжаттары жоқ тауарларды тасымалдаушы жүкті алудан бас тартуға құқылы. 

Айта кететін жайт, аталған шаралар Қазақстан Республикасы аумағы бойынша оларды транзиттау кезінде Алынған тізімдегі тауарлар, сонымен қатар ЕАЭО мүше мемлекеттерінен, Қазақстан Республикасында өндірілген  тауарларды іске асырылатын тауарларға таралмайды. Қазақстан Республикасында өндірілген және электронды шот-фактурамен және тауардың шыққан елді растайтын жолдама құжат ЕАЭО елдерінде Алынған тізімге түскен тауарларды әкету.

Бұдан басқа,  Алынған тізімдегі тауарларды әкету электронды шот-фактурасын толтыру электронды – санды қол қою кезінде ғана мүмкін болады. Сонымен қатар, сауда қызметін жүзеге асыратын кәсіпкерлермен ЭСҚ алу қажет.